du verwendest den Emulator PCSX2 oder? wäre gut zu wissen welche Version oder
Revision.
Ich kann dir übrigens die neuste SVN Version empfehlen, damit kann ich problemlos speichern und dann wieder laden.
Deine Config/Einstellungen im Emulator wären auch intressant und alles was in diesem schwarzem Fenster erscheint

Was das Problem sein könnte:
- alte Version mit Bug
- Ordner schreibgeschützt
Bist du dir sicher dass du abspeicherst bei Naruto?
ist das nur bei diesem Spiel so oder auch bei anderen?
an dem japanischem Spiel liegt es ganz bestimmt nicht.
Ein solches Problem hatte ich noch nicht, hab auch nicht gehört bei den neueren Version. Ich vermute mal ganz spontan alte Version.
Greetz